Para el país y para muchas víctimas o familiares de estas mismas el 24 de julio de 2004 se volvió un día histórico ya que por primera vez en la historia de México la Fiscalía Especial para Movimientos Sociales y Políticos del Pasado consignaba un expediente por genocidio contra un ex presidente.
A Luis Echeverria se le señaló como uno de los responsables por las masacres de estudiantes la plaza de las 3 culturas de Tlatelolco y por la masacre del 10 de junio de 1971 en la calzada México-Tacuba también conocida como “El Halconazo” o la “masacre del Jueves Corpus”.
Por lo ocurrido en la masacre del Jueves corpus un juez federal terminó desechando dicha acusación debido a que consideró que los delitos habían prescrito.
El año siguiente a eso el quinto tribunal unitario penal confirmo la misma resolución hecha por el juez federal y a pesar de que en el año 2006 se intento llevar dicho caso a la suprema corte de justicia de la nación, tres de los cinco ministros se negaron a continuar investigando al expresidente.
Aunque con la masacre del 10 de junio no se llegó a nada en 2005 no corrio con la misma suerte ahora con la acusación por la masacre de Tlatelolco, puesto que el magistrado federal José Angel Mattar Oliva ordeno que Luis Echeverria fuera aprendido por su probable responsabilidad en el delito de genocidio.
Debido a la avanzada edad que ya presentaba el ex mandatario se le terminó dictando que se cumpliera esta aprensión con arresto domiciliario que se extendió hasta finales de marzo del 2009, cuando el tribunal colegiado lo exoneró en última instancia, a causa de un amparo que había ganado en 2007 y en la que la SCJN había rechazado atraer el proceso penal.
Uno de los argumentos que fueron dados para la segunda exoneración fue dado por el magistrado Jesús Guadalupe Luna Altamirano.
“en la matanza de estudiantes del dos de octubre de 1968 sí hubo genocidio, pero no se presentaron pruebas suficientes para condenar penalmente a Echeverría -entonces secretario de Gobernación, durante el gobierno de Gustavo Díaz Ordaz- como el responsable de ese delito.
"No hay una, una sola prueba, que acredite directa o indirectamente -como se habla en el argot jurídico, prueba refractaria o circunstancial- que justifique, siquiera indiciariamente, a Luis Echeverría Álvarez como aquel que haya preparado, concedido, concertado o ejecutado el genocidio".
El magistrado expresó que aunque el delito de genocidio estaba acreditado, por los sucesos de la Plaza de las Tres Culturas, ya que había pruebas para presumir de que se trató de una acción concertada, preparada y coordinada encaminada a exterminar a un grupo nacional, constituido por estudiantes de diversas universidades, la entonces Procuraduría General de la República (PGR) no pudo demostrar que el orquestador fue el ex mandatario.
A pesar de que la PGR hizo su labor de investigación, el impartidor de justicia declaró que no pudo allegarse de pruebas concretas, pues los principales testigos que pudieron aportar información sobre el caso ya habían fallecido.
Un año después de recobrar su libertad, Luis Echeverría volvió a tener problemas legales, porque su ex abogado de cabecera, Heraclio Bonilla Gutiérrez, lo demandó por la vía civil en el Tribunal Superior de Justicia del Distrito Federal, por no cumplir con el pago de honorarios que ascendían a 10 millones de pesos por ocho años de servicio.
Luis Echeverria es el único presidente hasta el momento en haber sido llevado a juicio en el país, en los últimos años de su vida los pasó en su casa en la ciudad de México.
Durante su administración se acentuó la llamada guerra sucia, un período de represión policial y militar contra la disidencia política que causó centenares de desapariciones forzadas entre los años 60 y 80.
Entre sus ultimas apariciones publicas se le pudo ver en el funeral del padre de Luis Donaldo Colosio en Sonora, para luego hacer otra aparición el 17 de Abril de 2021 cuando acudió a recibir su vacuna contra el covid-19, para esta época el ex mandatario ya era transportado en silla de ruedas debido a su ya muy avanzada edad.